1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
|
// Copyright 2006-2007 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
#ifndef MOLECULAT_H_INCLUDED
#define MOLECULAT_H_INCLUDED
#include <iostream>
#include "MoleculaB.h"
#include "pto3D.h"
class anillo; // avoid circular definition, do not include "anillo.h"
class MoleculaT: public MoleculaB
{
double R1, R2;
int std; //dice si esta definido el segundo tubo
public:
pto3D TEST1; //fin del tubo, vc que conecta fin de T1 y principio T2,eje del T2
pto3D TESTC;
pto3D TEST2;
MoleculaT () {
TEST1 = pto3D ();
TEST2 = pto3D ();
TESTC = pto3D ();
R1 = 0;
R2 = 0;
std = 0;
}
MoleculaT clonaT ();
// proyecta --> literally, "it projects": something to do with projections
void proyecta (MoleculaT maux);
void proyecta (int i);
// THIS AUTHORIZES US TO ELIMINATE THE MAUX USE
pto3D proyecta (pto3D psus); //ESTO NOS AUTORIZA PARA ELIMINAR EL USO DE MAUX
void proyecta (int sus, MoleculaT maux);
//los puntos auxiliares se ponen en la molecula auxiliar, pa que no incordien
// the auxiliary points are put in the auxiliary molecule, pa that do not incordien
pto3D proyecta (pto3D sustituido, MoleculaT maux);
void centraentorno (int num); //ESTA REPE??
void centraentorno (); // literally, "it centers surroundings"
// Terminate any unfinished hexagons at the end of a nanotube with hydrogens.
void cierraH (); // cierra --> it closes, H -> hydrogen
// Terminate any unfinished hexagons at the end of a nanotube with nitrogens.
void cierraN (); // cierra --> it closes, N -> nitrogen
int remataconec (); //METODO A usar solo con estructuras grafiticas
void remataconec2 (); //Metodo alternatiov, que revisa todos los atomos con
//ESTA ES LA AARIABLE EMTRE = Y ! QUE DICE SI EL ALGORITMO ES
// TOTALMENTE RELAJADO (1)(SIGUIENDO PARAMETROS DE VECINO)
// o estricto (0) (SIGUENDO conectividad TRIGONAL)
String MoleculaT::exploraanillo (int atocentro);
//OJO, esta distancia media no incluye el enlace priemro, ani[1],ani[2], porque es el que va a ser sustituido
double dmedia (anillo ani);
std::ostream& mmp (std::ostream& ost, int index);
std::ostream& mmp (std::ostream& ost, String inf, int index);
};
#endif
|
