summaryrefslogtreecommitdiff
path: root/cad/tests/AMBER_test_structures/dot_in/protein.amberua.C/protein.amberua.C.in
blob: 9f4364f6aa8dee82e62e9c6ed2a8ae1ba6314062 (plain)
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360
361
362
363
364
365
366
367
368
369
370
371
372
373
374
375
376
377
378
379
380
381
382
383
384
385
386
387
388
389
390
391
392
393
394
395
396
397
398
399
400
401
402
403
404
405
406
407
408
409
410
411
412
413
414
415
416
417
418
419
420
421
422
423
424
425
426
427
428
429
430
431
432
433
434
435
436
437
438
439
440
441
442
443
444
445
446
447
448
449
450
451
452
453
454
455
456
457
458
459
460
461
462
463
464
465
466
467
468
469
470
471
472
473
474
475
476
477
478
479
480
481
482
483
484
485
486
487
488
489
490
491
492
493
494
495
496
497
498
499
500
501
502
503
504
505
506
507
508
509
510
511
512
513
514
515
516
517
518
519
520
521
522
523
524
525
526
527
528
529
530
531
532
533
534
535
536
537
538
539
540
541
542
543
544
545
546
547
548
549
550
551
552
553
554
555
556
557
558
559
560
561
562
563
564
565
566
567
568
569
570
571
572
573
574
575
576
577
578
579
580
581
582
583
584
585
586
587
588
589
590
591
592
593
594
595
596
597
598
599
600
601
602
603
604
605
606
607
608
609
610
611
612
613
614
615
616
617
618
619
620
621
622
623
624
625
626
627
628
629
630
631
632
633
634
635
636
637
638
639
640
641
642
643
644
645
    1    1  101
protein.amberua.db4
      ALANINE COO- ANION
ALA
 ALA  INT     1
 CORR OMIT DU   BEG
   0.00000
   1  DUMM  DU    M    0  -1  -2     0.000     0.000     0.000   0.00000
   2  DUMM  DU    M    1   0  -1     1.449     0.000     0.000   0.00000
   3  DUMM  DU    M    2   1   0     1.522   111.100     0.000   0.00000
   4  N     N     M    3   2   1     1.335   116.600   180.000  -0.52000
   5  HN    H     E    4   3   2     1.010   119.800     0.000   0.24800
   6  CA    CH    M    4   3   2     1.449   121.900   180.000   0.20900
   7  CB    C3    E    6   4   3     1.525   111.100    60.000   0.03100
   8  C     C     M    6   4   3     1.522   111.100   180.000   0.44400
   9  O     O2    E    8   6   4     1.229   120.500     0.000  -0.70600
  10  OXT   O2    E    8   6   4     1.229   120.500   180.000  -0.70600

IMPROPER
 -M   CA   N    HN
 CA   OXT  C    O
 CB   CA   N    C

DONE
     GLYCINE COO- ANION
GLY
 GLY  INT     1
 CORR OMIT DU   BEG
   0.00000
   1  DUMM  DU    M    0  -1  -2     0.000     0.000     0.000   0.00000
   2  DUMM  DU    M    1   0  -1     1.449     0.000     0.000   0.00000
   3  DUMM  DU    M    2   1   0     1.522   111.100     0.000   0.00000
   4  N     N     M    3   2   1     1.335   116.600   180.000  -0.52000
   5  HN    H     E    4   3   2     1.010   119.800     0.000   0.24800
   6  CA    C2    M    4   3   2     1.449   121.900   180.000   0.24000
   7  C     C     M    6   4   3     1.522   110.400   180.000   0.44400
   8  O     O2    E    7   6   4     1.229   120.500     0.000  -0.70600
   9  OXT   O2    E    7   6   4     1.229   120.500   180.000  -0.70600

IMPROPER
 -M   CA   N    HN
 CA   OXT  C    O

DONE
     SERINE COO- ANION
SER
 SER  INT     1
 CORR OMIT DU   BEG
   0.00000
   1  DUMM  DU    M    0  -1  -2     0.000     0.000     0.000   0.00000
   2  DUMM  DU    M    1   0  -1     1.449     0.000     0.000   0.00000
   3  DUMM  DU    M    2   1   0     1.522   111.100     0.000   0.00000
   4  N     N     M    3   2   1     1.335   116.600   180.000  -0.52000
   5  HN    H     E    4   3   2     1.010   119.800     0.000   0.24800
   6  CA    CH    M    4   3   2     1.449   121.900   180.000   0.28600
   7  CB    C2    S    6   4   3     1.525   111.100    60.000   0.19400
   8  OG    OH    S    7   6   4     1.430   109.470   180.000  -0.55000
   9  HOG   HO    E    8   7   6     0.960   109.470   180.000   0.31000
  10  C     C     M    6   4   3     1.522   111.100   180.000   0.44400
  11  O     O2    E   10   6   4     1.229   120.500     0.000  -0.70600
  12  OXT   O2    E   10   6   4     1.229   120.500   180.000  -0.70600

IMPROPER
 -M   CA   N    HN
 CB   CA   N    C
 CA   OXT  C    O

DONE
     THREONINE COO- ANION
THR
 THR  INT     1
 CORR OMIT DU   BEG
   0.00000
   1  DUMM  DU    M    0  -1  -2     0.000     0.000     0.000   0.00000
   2  DUMM  DU    M    1   0  -1     1.449     0.000     0.000   0.00000
   3  DUMM  DU    M    2   1   0     1.522   111.100     0.000   0.00000
   4  N     N     M    3   2   1     1.335   116.600   180.000  -0.52000
   5  HN    H     E    4   3   2     1.010   119.800     0.000   0.24800
   6  CA    CH    M    4   3   2     1.449   121.900   180.000   0.26200
   7  CB    CH    B    6   4   3     1.525   111.100    60.000   0.21100
   8  CG2   C3    E    7   6   4     1.525   109.470   300.000   0.00700
   9  OG1   OH    S    7   6   4     1.430   109.470    60.000  -0.55000
  10  HOG   HO    E    9   7   6     0.960   109.470   180.000   0.31000
  11  C     C     M    6   4   3     1.522   111.100   180.000   0.44400
  12  O     O2    E   11   6   4     1.229   120.500     0.000  -0.70600
  13  OXT   O2    E   11   6   4     1.229   120.500   180.000  -0.70600

IMPROPER
 -M   CA   N    HN
 CB   CA   N    C
 CG2  CB   CA   OG1
 CA   OXT  C    O

DONE
     LEUCINE COO- ANION
LEU
 LEU  INT     1
 CORR OMIT DU   BEG
   0.00000
   1  DUMM  DU    M    0  -1  -2     0.000     0.000     0.000   0.00000
   2  DUMM  DU    M    1   0  -1     1.449     0.000     0.000   0.00000
   3  DUMM  DU    M    2   1   0     1.522   111.100     0.000   0.00000
   4  N     N     M    3   2   1     1.335   116.600   180.000  -0.52000
   5  HN    H     E    4   3   2     1.010   119.800     0.000   0.24800
   6  CA    CH    M    4   3   2     1.449   121.900   180.000   0.19800
   7  CB    C2    S    6   4   3     1.525   111.100    60.000   0.01600
   8  CG    CH    B    7   6   4     1.525   109.470   180.000   0.05400
   9  CD1   C3    E    8   7   6     1.525   109.470    60.000  -0.01400
  10  CD2   C3    E    8   7   6     1.525   109.470   180.000  -0.01400
  11  C     C     M    6   4   3     1.522   111.100   180.000   0.44400
  12  O     O2    E   11   6   4     1.229   120.500     0.000  -0.70600
  13  OXT   O2    E   11   6   4     1.229   120.500   180.000  -0.70600

IMPROPER
 -M   CA   N    HN
 CB   CA   N    C
 CD1  CG   CB   CD2
 CA   OXT  C    O

DONE
      ISOLEUCINE COO- ANION
ILE
 ILE  INT     1
 CORR OMIT DU   BEG
   0.00000
   1  DUMM  DU    M    0  -1  -2     0.000     0.000     0.000   0.00000
   2  DUMM  DU    M    1   0  -1     1.449     0.000     0.000   0.00000
   3  DUMM  DU    M    2   1   0     1.522   111.100     0.000   0.00000
   4  N     N     M    3   2   1     1.335   116.600   180.000  -0.52000
   5  HN    H     E    4   3   2     1.010   119.800     0.000   0.24800
   6  CA    CH    M    4   3   2     1.449   121.900   180.000   0.19300
   7  CB    CH    B    6   4   3     1.525   109.470    60.000   0.03000
   8  CG2   C3    E    7   6   4     1.525   109.470    60.000   0.00100
   9  CG1   C2    S    7   6   4     1.525   109.470   180.000   0.01700
  10  CD1   C3    E    9   7   6     1.525   109.470   180.000  -0.00100
  11  C     C     M    6   4   3     1.522   111.100   180.000   0.44400
  12  O     O2    E   11   6   4     1.229   120.500     0.000  -0.70600
  13  OXT   O2    E   11   6   4     1.229   120.500   180.000  -0.70600

IMPROPER
 -M   CA   N    HN
 CB   CA   N    C
 CG2  CB   CA   CG1
 CA   OXT  C    O

DONE
     VALINE
VAL
 VAL  INT     1
 CORR OMIT DU   BEG
   0.00000
   1  DUMM  DU    M    0  -1  -2     0.000     0.000     0.000   0.00000
   2  DUMM  DU    M    1   0  -1     1.449     0.000     0.000   0.00000
   3  DUMM  DU    M    2   1   0     1.522   111.100     0.000   0.00000
   4  N     N     M    3   2   1     1.335   116.600   180.000  -0.52000
   5  HN    H     E    4   3   2     1.010   119.800     0.000   0.24800
   6  CA    CH    M    4   3   2     1.449   121.900   180.000   0.19500
   7  CB    CH    B    6   4   3     1.525   111.100    60.000   0.03300
   8  CG1   C3    E    7   6   4     1.525   109.470    60.000   0.00600
   9  CG2   C3    E    7   6   4     1.525   109.470   180.000   0.00600
  10  C     C     M    6   4   3     1.522   111.100   180.000   0.44400
  11  O     O2    E   10   6   4     1.229   120.500     0.000  -0.70600
  12  OXT   O2    E   10   6   4     1.229   120.500   180.000  -0.70600

IMPROPER
 -M   CA   N    HN
 CB   CA   N    C
 CG1  CB   CA   CG2
 CA   OXT  C    O

DONE
      ASPARAGINE COO- ANION
ASN
 ASN  INT     1
 CORR OMIT DU   BEG
   0.00000
   1  DUMM  DU    M    0  -1  -2     0.000     0.000     0.000   0.00000
   2  DUMM  DU    M    1   0  -1     1.449     0.000     0.000   0.00000
   3  DUMM  DU    M    2   1   0     1.522   111.100     0.000   0.00000
   4  N     N     M    3   2   1     1.335   116.600   180.000  -0.52000
   5  HN    H     E    4   3   2     1.010   119.800     0.000   0.24800
   6  CA    CH    M    4   3   2     1.449   121.900   180.000   0.21100
   7  CB    C2    S    6   4   3     1.525   111.100    60.000   0.00300
   8  CG    C     B    7   6   4     1.522   111.100   180.000   0.67500
   9  OD1   O     E    8   7   6     1.229   120.500     0.000  -0.47000
  10  ND2   N     B    8   7   6     1.335   116.600   180.000  -0.86700
  11  HND1  H     E   10   8   7     1.010   119.800     0.000   0.34400
  12  HND2  H     E   10   8   7     1.010   119.800   180.000   0.34400
  13  C     C     M    6   4   3     1.522   111.100   180.000   0.44400
  14  O     O2    E   13   6   4     1.229   120.500     0.000  -0.70600
  15  OXT   O2    E   13   6   4     1.229   120.500   180.000  -0.70600

IMPROPER
 -M   CA   N    HN
 CB   CA   N    C
 CB   ND2  CG   OD1
 CG   HND1 ND2  HND2
 CA   OXT  C    O

DONE
    GLUTAMINE COO- ANION
GLN
 GLN  INT     1
 CORR OMIT DU   BEG
   0.00000
   1  DUMM  DU    M    0  -1  -2     0.000     0.000     0.000   0.00000
   2  DUMM  DU    M    1   0  -1     1.449     0.000     0.000   0.00000
   3  DUMM  DU    M    2   1   0     1.522   111.100     0.000   0.00000
   4  N     N     M    3   2   1     1.335   116.600   180.000  -0.52000
   5  HN    H     E    4   3   2     1.010   119.800     0.000   0.24800
   6  CA    CH    M    4   3   2     1.449   121.900   180.000   0.20400
   7  CB    C2    S    6   4   3     1.525   111.100    60.000   0.05300
   8  CG    C2    S    7   6   4     1.525   109.470   180.000  -0.04300
   9  CD    C     B    8   7   6     1.522   111.100   180.000   0.67500
  10  OE1   O     E    9   8   7     1.229   120.500     0.000  -0.47000
  11  NE2   N     B    9   8   7     1.335   116.600   180.000  -0.86700
  12  HNE1  H     E   11   9   8     1.010   119.800     0.000   0.34400
  13  HNE2  H     E   11   9   8     1.010   119.800   180.000   0.34400
  14  C     C     M    6   4   3     1.522   111.100   180.000   0.44400
  15  O     O2    E   14   6   4     1.229   120.500     0.000  -0.70600
  16  OXT   O2    E   14   6   4     1.229   120.500   180.000  -0.70600

IMPROPER
 -M   CA   N    HN
 CB   CA   N    C
 CG   NE2  CD   OE1
 CD   HNE1 NE2  HNE2
 CA   OXT  C    O

DONE
     ARGININE
ARG
 ARG  INT     1
 CORR OMIT DU   BEG
   0.00000
   1  DUMM  DU    M    0  -1  -2     0.000     0.000     0.000   0.00000
   2  DUMM  DU    M    1   0  -1     1.449     0.000     0.000   0.00000
   3  DUMM  DU    M    2   1   0     1.522   111.100     0.000   0.00000
   4  N     N     M    3   2   1     1.335   116.600   180.000  -0.52000
   5  HN    H     E    4   3   2     1.010   119.800     0.000   0.24800
   6  CA    CH    M    4   3   2     1.449   121.900   180.000   0.23100
   7  CB    C2    S    6   4   3     1.525   111.100    60.000   0.04900
   8  CG    C2    S    7   6   4     1.525   109.470   180.000   0.05800
   9  CD    C2    S    8   7   6     1.525   109.470   180.000   0.11100
  10  NE    N2    B    9   8   7     1.480   111.000   180.000  -0.49300
  11  HNE   H3    E   10   9   8     1.010   118.500     0.000   0.29400
  12  CZ    CA    B   10   9   8     1.330   123.000   180.000   0.81300
  13  NH1   N2    B   12  10   9     1.330   122.000     0.000  -0.63450
  14  HN11  H3    E   13  12  10     1.010   119.800     0.000   0.36150
  15  HN12  H3    E   13  12  10     1.010   119.800   180.000   0.36150
  16  NH2   N2    B   12  10   9     1.330   118.000   180.000  -0.63450
  17  HN21  H3    E   16  12  10     1.010   119.800     0.000   0.36150
  18  HN22  H3    E   16  12  10     1.010   119.800   180.000   0.36150
  19  C     C     M    6   4   3     1.522   111.100   180.000   0.44400
  20  O     O2    E   19   6   4     1.229   120.500     0.000  -0.70600
  21  OXT   O2    E   19   6   4     1.229   120.500   180.000  -0.70600

IMPROPER
 -M   CA   N    HN
 CB   CA   N    C
 NE   NH1  CZ   NH2
 CA   OXT  C    O

DONE
      HISTIDINE DELTAH COO- ANION
HID
 HID  INT     1
 CORR OMIT DU   BEG
   0.00000
   1  DUMM  DU    M    0  -1  -2     0.000     0.000     0.000   0.00000
   2  DUMM  DU    M    1   0  -1     1.449     0.000     0.000   0.00000
   3  DUMM  DU    M    2   1   0     1.522   111.100     0.000   0.00000
   4  N     N     M    3   2   1     1.335   116.600   180.000  -0.52000
   5  HN    H     E    4   3   2     1.010   119.800     0.000   0.24800
   6  CA    CH    M    4   3   2     1.449   121.900   180.000   0.21300
   7  CB    C2    S    6   4   3     1.525   111.100    60.000   0.06000
   8  CG    CC    S    7   6   4     1.510   115.000   180.000   0.08900
   9  ND1   NA    B    8   7   6     1.390   122.000   180.000  -0.44400
  10  HND   H     E    9   8   7     1.010   126.000     0.000   0.32000
  11  CE1   CP    S    9   8   7     1.320   108.000   180.000   0.38400
  12  NE2   NB    S   11   9   8     1.310   109.000     0.000  -0.52700
  13  CD2   CF    E   12  11   9     1.360   110.000     0.000   0.14500
  14  C     C     M    6   4   3     1.522   111.100   180.000   0.44400
  15  O     O2    E   14   6   4     1.229   120.500     0.000  -0.70600
  16  OXT   O2    E   14   6   4     1.229   120.500   180.000  -0.70600

IMPROPER
 -M   CA   N    HN
 CB   CA   N    C
 CA   OXT  C    O

LOOP
 CG   CD2

DONE
      HISTIDINE EPSILONH COO- ANION
HIE
 HIE  INT     1
 CORR OMIT DU   BEG
   0.00000
   1  DUMM  DU    M    0  -1  -2     0.000     0.000     0.000   0.00000
   2  DUMM  DU    M    1   0  -1     1.449     0.000     0.000   0.00000
   3  DUMM  DU    M    2   1   0     1.522   111.100     0.000   0.00000
   4  N     N     M    3   2   1     1.335   116.600   180.000  -0.52000
   5  HN    H     E    4   3   2     1.010   119.800     0.000   0.24800
   6  CA    CH    M    4   3   2     1.449   121.900   180.000   0.21300
   7  CB    C2    S    6   4   3     1.525   111.100    60.000   0.06000
   8  CG    CC    S    7   6   4     1.510   115.000   180.000   0.11200
   9  ND1   NB    S    8   7   6     1.390   122.000   180.000  -0.52700
  10  CE1   CP    S    9   8   7     1.320   108.000   180.000   0.38400
  11  NE2   NA    B   10   9   8     1.310   109.000     0.000  -0.44400
  12  HNE   H     E   11  10   9     1.010   125.000   180.000   0.32000
  13  CD2   CG    E   11  10   9     1.360   110.000     0.000   0.12200
  14  C     C     M    6   4   3     1.522   111.100   180.000   0.44400
  15  O     O2    E   14   6   4     1.229   120.500     0.000  -0.70600
  16  OXT   O2    E   14   6   4     1.229   120.500   180.000  -0.70600

IMPROPER
 -M   CA   N    HN
 CB   CA   N    C
 CA   OXT  C    O

LOOP
 CG   CD2

DONE
      HISTIDINE PLUS ZWITTERION
HIP
 HIP  INT     1
 CORR OMIT DU   BEG
   0.00000
   1  DUMM  DU    M    0  -1  -2     0.000     0.000     0.000   0.00000
   2  DUMM  DU    M    1   0  -1     1.449     0.000     0.000   0.00000
   3  DUMM  DU    M    2   1   0     1.522   111.100     0.000   0.00000
   4  N     N     M    3   2   1     1.335   116.600   180.000  -0.52000
   5  HN    H     E    4   3   2     1.010   119.800     0.000   0.24800
   6  CA    CH    M    4   3   2     1.449   121.900   180.000   0.18900
   7  CB    C2    S    6   4   3     1.525   111.100    60.000   0.21100
   8  CG    CC    S    7   6   4     1.510   115.000   180.000   0.10300
   9  ND1   NA    B    8   7   6     1.390   122.000   180.000  -0.61300
  10  HND   H     E    9   8   7     1.010   126.000     0.000   0.47800
  11  CE1   CP    S    9   8   7     1.320   108.000   180.000   0.71900
  12  NE2   NA    B   11   9   8     1.310   109.000     0.000  -0.68600
  13  HNE   H     E   12  11   9     1.010   125.000   180.000   0.48600
  14  CD2   CG    E   12  11   9     1.360   110.000     0.000   0.35300
  15  C     C     M    6   4   3     1.522   111.100   180.000   0.44400
  16  O     O2    E   15   6   4     1.229   120.500     0.000  -0.70600
  17  OXT   O2    E   15   6   4     1.229   120.500   180.000  -0.70600

IMPROPER
 -M   CA   N    HN
 CB   CA   N    C
 CA   OXT  C    O

LOOP
 CG   CD2

DONE
      TRYPTOPHAN COO- ANION
TRP
 TRP  INT     1
 CORR OMIT DU   BEG
   0.00000
   1  DUMM  DU    M    0  -1  -2     0.000     0.000     0.000   0.00000
   2  DUMM  DU    M    1   0  -1     1.449     0.000     0.000   0.00000
   3  DUMM  DU    M    2   1   0     1.522   111.100     0.000   0.00000
   4  N     N     M    3   2   1     1.335   116.600   180.000  -0.52000
   5  HN    H     E    4   3   2     1.010   119.800     0.000   0.24800
   6  CA    CH    M    4   3   2     1.449   121.900   180.000   0.24200
   7  CB    C2    S    6   4   3     1.525   111.100    60.000   0.02000
   8  CG    C*    S    7   6   4     1.510   115.000   180.000   0.04600
   9  CD1   CG    S    8   7   6     1.340   127.000   180.000   0.11700
  10  NE1   NA    B    9   8   7     1.430   107.000   180.000  -0.33000
  11  HNE   H     E   10   9   8     1.010   125.500   180.000   0.29400
  12  CE2   CN    S   10   9   8     1.310   109.000     0.000   0.00000
  13  CZ2   CD    S   12  10   9     1.400   128.000   180.000   0.02900
  14  CH2   CD    S   13  12  10     1.390   116.000   180.000   0.03400
  15  CZ3   CD    S   14  13  12     1.350   121.000     0.000  -0.08200
  16  CE3   CD    S   15  14  13     1.410   122.000     0.000   0.14500
  17  CD2   CB    E   16  15  14     1.400   117.000     0.000  -0.27500
  18  C     C     M    6   4   3     1.522   111.100   180.000   0.44400
  19  O     O2    E   18   6   4     1.229   120.500     0.000  -0.70600
  20  OXT   O2    E   18   6   4     1.229   120.500   180.000  -0.70600

IMPROPER
 -M   CA   N    HN
 CB   CA   N    C
 CA   OXT  C    O

LOOP
 CG   CD2
 CE2  CD2

DONE
     PHENYLALANINE COO- ANION
PHE
 PHE  INT     1
 CORR OMIT DU   BEG
   0.00000
   1  DUMM  DU    M    0  -1  -2     0.000     0.000     0.000   0.00000
   2  DUMM  DU    M    1   0  -1     1.449     0.000     0.000   0.00000
   3  DUMM  DU    M    2   1   0     1.522   111.100     0.000   0.00000
   4  N     N     M    3   2   1     1.335   116.600   180.000  -0.52000
   5  HN    H     E    4   3   2     1.010   119.800     0.000   0.24800
   6  CA    CH    M    4   3   2     1.449   121.900   180.000   0.20800
   7  CB    C2    S    6   4   3     1.525   111.100    60.000   0.03800
   8  CG    CA    S    7   6   4     1.510   115.000   180.000   0.01100
   9  CD1   CD    S    8   7   6     1.400   120.000   180.000  -0.01100
  10  CE1   CD    S    9   8   7     1.400   120.000   180.000   0.00400
  11  CZ    CD    S   10   9   8     1.400   120.000     0.000  -0.00300
  12  CE2   CD    S   11  10   9     1.400   120.000     0.000   0.00400
  13  CD2   CD    E   12  11  10     1.400   120.000     0.000  -0.01100
  14  C     C     M    6   4   3     1.522   111.100   180.000   0.44400
  15  O     O2    E   14   6   4     1.229   120.500     0.000  -0.70600
  16  OXT   O2    E   14   6   4     1.229   120.500   180.000  -0.70600

IMPROPER
 -M   CA   N    HN
 CB   CA   N    C
 CA   OXT  C    O

LOOP
 CG   CD2

DONE
      TYROSINE COO- ANION
TYR
 TYR  INT     1
 CORR OMIT DU   BEG
   0.00000
   1  DUMM  DU    M    0  -1  -2     0.000     0.000     0.000   0.00000
   2  DUMM  DU    M    1   0  -1     1.449     0.000     0.000   0.00000
   3  DUMM  DU    M    2   1   0     1.522   111.100     0.000   0.00000
   4  N     N     M    3   2   1     1.335   116.600   180.000  -0.52000
   5  HN    H     E    4   3   2     1.010   119.800     0.000   0.24800
   6  CA    CH    M    4   3   2     1.449   121.900   180.000   0.23900
   7  CB    C2    S    6   4   3     1.525   111.100    60.000   0.02200
   8  CG    CA    S    7   6   4     1.510   109.470   180.000  -0.00100
   9  CD1   CD    S    8   7   6     1.400   120.000   180.000  -0.03500
  10  CE1   CD    S    9   8   7     1.400   120.000   180.000   0.10000
  11  CZ    C     B   10   9   8     1.400   120.000     0.000  -0.12100
  12  OH    OH    S   11  10   9     1.360   120.000   180.000  -0.36800
  13  HOH   HO    E   12  11  10     0.960   113.000     0.000   0.33900
  14  CE2   CD    S   11  10   9     1.400   120.000     0.000   0.10000
  15  CD2   CD    E   14  11  10     1.400   120.000     0.000  -0.03500
  16  C     C     M    6   4   3     1.522   111.100   180.000   0.44400
  17  O     O2    E   16   6   4     1.229   120.500     0.000  -0.70600
  18  OXT   O2    E   16   6   4     1.229   120.500   180.000  -0.70600

IMPROPER
 -M   CA   N    HN
 CB   CA   N    C
 CA   OXT  C    O

LOOP
 CG   CD2

DONE
      GLUTAMIC ACID COO- ANION
GLU
 GLU  INT     1
 CORR OMIT DU   BEG
   0.00000
   1  DUMM  DU    M    0  -1  -2     0.000     0.000     0.000   0.00000
   2  DUMM  DU    M    1   0  -1     1.449     0.000     0.000   0.00000
   3  DUMM  DU    M    2   1   0     1.522   111.100     0.000   0.00000
   4  N     N     M    3   2   1     1.335   116.600   180.000  -0.52000
   5  HN    H     E    4   3   2     1.010   119.800     0.000   0.24800
   6  CA    CH    M    4   3   2     1.449   121.900   180.000   0.24000
   7  CB    C2    S    6   4   3     1.525   111.100    60.000   0.00000
   8  CG    C2    S    7   6   4     1.510   109.470   180.000  -0.20800
   9  CD    C     B    8   7   6     1.527   109.470   180.000   0.62000
  10  OE1   O2    E    9   8   7     1.260   117.200    90.000  -0.70600
  11  OE2   O2    E    9   8   7     1.260   117.200   270.000  -0.70600
  12  C     C     M    6   4   3     1.522   111.100   180.000   0.44400
  13  O     O2    E   12   6   4     1.229   120.500     0.000  -0.70600
  14  OXT   O2    E   12   6   4     1.229   120.500   180.000  -0.70600

IMPROPER
 -M   CA   N    HN
 CB   CA   N    C
 CG   OE1  CD   OE2
 CA   OXT  C    O

DONE
     ASPARTIC ACID COO- ANION
ASP
 ASP  INT     1
 CORR OMIT DU   BEG
   0.00000
   1  DUMM  DU    M    0  -1  -2     0.000     0.000     0.000   0.00000
   2  DUMM  DU    M    1   0  -1     1.449     0.000     0.000   0.00000
   3  DUMM  DU    M    2   1   0     1.522   111.100     0.000   0.00000
   4  N     N     M    3   2   1     1.335   116.600   180.000  -0.52000
   5  HN    H     E    4   3   2     1.010   119.800     0.000   0.24800
   6  CA    CH    M    4   3   2     1.449   121.900   180.000   0.24000
   7  CB    C2    S    6   4   3     1.525   111.100    60.000  -0.20800
   8  CG    C     B    7   6   4     1.527   109.470   180.000   0.62000
   9  OD1   O2    E    8   7   6     1.260   117.200    90.000  -0.70600
  10  OD2   O2    E    8   7   6     1.260   117.200   270.000  -0.70600
  11  C     C     M    6   4   3     1.522   111.100   180.000   0.44400
  12  O     O2    E   11   6   4     1.229   120.500     0.000  -0.70600
  13  OXT   O2    E   11   6   4     1.229   120.500   180.000  -0.70600

IMPROPER
 -M   CA   N    HN
 CB   CA   N    C
 CB   OD1  CG   OD2
 CA   OXT  C    O

DONE
     LYSINE COO- ANION
LYS
 LYS  INT     1
 CORR OMIT DU   BEG
   0.00000
   1  DUMM  DU    M    0  -1  -2     0.000     0.000     0.000   0.00000
   2  DUMM  DU    M    1   0  -1     1.449     0.000     0.000   0.00000
   3  DUMM  DU    M    2   1   0     1.522   111.100     0.000   0.00000
   4  N     N     M    3   2   1     1.335   116.600   180.000  -0.52000
   5  HN    H     E    4   3   2     1.010   119.800     0.000   0.24800
   6  CA    CH    M    4   3   2     1.449   121.900   180.000   0.22100
   7  CB    C2    S    6   4   3     1.525   111.100    60.000   0.03900
   8  CG    C2    S    7   6   4     1.525   109.470   180.000   0.05300
   9  CD    C2    S    8   7   6     1.525   109.470   180.000   0.04800
  10  CE    C2    S    9   8   7     1.525   109.470   180.000   0.21800
  11  NZ    N3    3   10   9   8     1.470   109.470   180.000  -0.27200
  12  HNZ1  H3    E   11  10   9     1.010   109.470    60.000   0.31100
  13  HNZ2  H3    E   11  10   9     1.010   109.470   180.000   0.31100
  14  HNZ3  H3    E   11  10   9     1.010   109.470   300.000   0.31100
  15  C     C     M    6   4   3     1.522   111.100   180.000   0.44400
  16  O     O2    E   15   6   4     1.229   120.500     0.000  -0.70600
  17  OXT   O2    E   15   6   4     1.229   120.500   180.000  -0.70600

IMPROPER
 -M   CA   N    HN
 CB   CA   N    C
 CA   OXT  C    O

DONE
     PROLINE COO- ANION
PRO
 PRO  INT     1
 CORR OMIT DU   BEG
   0.00000
   1  DUMM  DU    M    0  -1  -2     0.000     0.000     0.000   0.00000
   2  DUMM  DU    M    1   0  -1     1.449     0.000     0.000   0.00000
   3  DUMM  DU    M    2   1   0     1.522   111.100     0.000   0.00000
   4  N     N     M    3   2   1     1.337   117.000   180.000  -0.25700
   5  CD    C2    S    4   3   2     1.458   126.100   356.100   0.08400
   6  CG    C2    S    5   4   3     1.500   103.200   200.100   0.03000
   7  CB    C2    E    6   5   4     1.510   106.000   338.300  -0.00100
   8  CA    CH    M    4   3   2     1.451   120.600   175.200   0.11200
   9  C     C     M    8   4   3     1.522   111.100     0.000   0.44400
  10  O     O2    E    9   8   4     1.229   120.500     0.000  -0.70600
  11  OXT   O2    E    9   8   4     1.229   120.500   180.000  -0.70600

IMPROPER
 CB   CA   N    C
 -M   CA   N    CD
 CA   OXT  C    O

LOOP
 CB   CA

DONE
     CYSTEINE COO- ANION
CYS
 CYS  INT     1
 CORR OMIT DU   BEG
   0.00000
   1  DUMM  DU    M    0  -1  -2     0.000     0.000     0.000   0.00000
   2  DUMM  DU    M    1   0  -1     1.449     0.000     0.000   0.00000
   3  DUMM  DU    M    2   1   0     1.522   111.100     0.000   0.00000
   4  N     N     M    3   2   1     1.335   116.600   180.000  -0.52000
   5  HN    H     E    4   3   2     1.010   119.800     0.000   0.24800
   6  CA    CH    M    4   3   2     1.449   121.900   180.000   0.14000
   7  CB    C2    S    6   4   3     1.525   111.100    60.000   0.10000
   8  SG    SH    3    7   6   4     1.810   116.000   180.000   0.82700
   9  HSG   HS    E    8   7   6     1.330    96.000   180.000   0.13500
  10  LP1   LP    E    8   7   6     0.679    96.700    80.000  -0.48100
  11  LP2   LP    E    8   7   6     0.679    96.700   280.000  -0.48100
  12  C     C     M    6   4   3     1.522   111.100   180.000   0.44400
  13  O     O2    E   12   6   4     1.229   120.500     0.000  -0.70600
  14  OXT   O2    E   12   6   4     1.229   120.500   180.000  -0.70600

IMPROPER
 -M   CA   N    HN
 CB   CA   N    C
 CA   OXT  C    O

DONE
     CYSTINE(S-S BRIDGE) COO- ANION
CYX
 CYX  INT     1
 CORR OMIT DU   BEG
   0.00000
   1  DUMM  DU    M    0  -1  -2     0.000     0.000     0.000   0.00000
   2  DUMM  DU    M    1   0  -1     1.449     0.000     0.000   0.00000
   3  DUMM  DU    M    2   1   0     1.522   111.100     0.000   0.00000
   4  N     N     M    3   2   1     1.335   116.600   180.000  -0.52000
   5  HN    H     E    4   3   2     1.010   119.800     0.000   0.24800
   6  CA    CH    M    4   3   2     1.449   121.900   180.000   0.08200
   7  CB    C2    S    6   4   3     1.525   111.100    60.000   0.14300
   8  SG    S     B    7   6   4     1.810   116.000   180.000   0.82400
   9  LP1   LP    E    8   7   6     0.679    96.700    80.000  -0.40450
  10  LP2   LP    E    8   7   6     0.679    96.700   280.000  -0.40450
  11  C     C     M    6   4   3     1.522   111.100   180.000   0.44400
  12  O     O2    E   11   6   4     1.229   120.500     0.000  -0.70600
  13  OXT   O2    E   11   6   4     1.229   120.500   180.000  -0.70600

IMPROPER
 -M   CA   N    HN
 CB   CA   N    C
 CA   OXT  C    O

DONE
      METHIONINE COO- ANION
MET
 MET  INT     1
 CORR OMIT DU   BEG
   0.00000
   1  DUMM  DU    M    0  -1  -2     0.000     0.000     0.000   0.00000
   2  DUMM  DU    M    1   0  -1     1.449     0.000     0.000   0.00000
   3  DUMM  DU    M    2   1   0     1.522   111.100     0.000   0.00000
   4  N     N     M    3   2   1     1.335   116.600   180.000  -0.52000
   5  HN    H     E    4   3   2     1.010   119.800     0.000   0.24800
   6  CA    CH    M    4   3   2     1.449   121.900   180.000   0.13100
   7  CB    C2    S    6   4   3     1.525   111.100    60.000   0.03700
   8  CG    C2    S    7   6   4     1.525   109.470   180.000   0.09000
   9  SD    S     3    8   7   6     1.810   110.000   180.000   0.73700
  10  CE    C3    E    9   8   7     1.780   100.000   180.000   0.00700
  11  LP1   LP    E    9   8   7     0.679    96.700    80.000  -0.38100
  12  LP2   LP    E    9   8   7     0.679    96.700   280.000  -0.38100
  13  C     C     M    6   4   3     1.522   111.100   180.000   0.44400
  14  O     O2    E   13   6   4     1.229   120.500     0.000  -0.70600
  15  OXT   O2    E   13   6   4     1.229   120.500   180.000  -0.70600

IMPROPER
 -M   CA   N    HN
 CB   CA   N    C
 CA   OXT  C    O

DONE
STOP