Département des Sciences Animales de l'INA P-G

Groupe d'Enseignement et de Recherche " Génétique et Elevage "

PROTOCOLES MICROSATELLITES / MICROSATELLITE PROTOCOLS

LABORATOIRE DE GENETIQUE DES POISSONS

INRA - 78352 JOUY-EN-JOSAS - FRANCE

Pour en savoir plus sur le Département des Sciences Animales de l'Institut National Agronomique Paris-grignon

Microsatellite markers: isolation with non-radioactive probes and amplification

Arnaud Estoup and Julie Turgeon

The main goal of this technical document (63 pages) is to provide geneticians and ecologists with a reliable method for the isolation of microsatellites and the determination of basic conditions necessary to routinely use them as molecular markers. A constraint related to the isolation of microsatellites is the use of radioactive molecules to screen the partial genomic library. This document offers an alternative to this problem by proposing a screening technique using non-radioactively labelled probes (digoxigenine labelling), an improvement that will most certainly be appreciated by those intending to develop new microsatellite markers. This technical document comprises protocols allowing (1) the quick and reliable cloning of microsatellite markers without the use of any radioactive products, and, (2) the characterisation of microsatellite markers such that conditions for their routine use can be developed. For each task, one or several tests are proposed to allow verifying that each step has been successfully achieved. In order to keep the protocols accessible to those not familiar with molecular techniques, several protocols are also extremely detailed. All of these protocols have been used at the Laboratoire de Genetique des Populations et Evolution of Gif-sur-Yvette (CNRS, FRANCE) and/or at the Laboratoire de Genetique des Poissons of Jouy-en-Josas (INRA, FRANCE). They have been optimised and have proven their efficiency for a number of organisms.

HOW TO DOWNLOAD THIS DOCUMENT:

A zipped file entitled "microev1.zip" (Word 6 format, Windows 3.11) can be downloaded. An original French version of the same document (authors: Arnaud Estoup and Olivier Martin, file "microvf1.zip") is also available. These files are not protected and are available free of charge.

To download the english version click here: microev1

To download the french version click here: microvf1

Marqueurs microsatellites : isolement à l'aide de sondes non-radioactives, caractérisation et mise au point

Arnaud Estoup et Olivier Martin

L'objectifs majeur de ce recueil technique (66 pages) est de proposer une méthodologie fiable, accessible à une majorité de généticiens et écologistes. L'une des contraintes de l'isolement des microsatellites concerne l'utilisation de molécules radioactives lors du criblage de la banque génomique partielle. La mise au point d'une technique de criblage fondée sur l'utilisation de sondes oligonucléotidiques marquées non radioactivement (marquage à la digoxigénine) constitue donc un progrès certain pour la recherche de marqueurs microsatellites. Ce recueil technique est composé de protocoles permettant (1) un clonage rapide et sûr de marqueurs microsatellites sans utilisation de radioactivité et (2) de caractériser et mettre au point les marqueurs clonés en vue de leur utilisation en routine. A chaque étape clef du protocole, des tests sont proposés: ils permettent de s'assurer régulièrement du bon déroulement du clonage. De nombreux protocoles ont été détaillés à l'extrême, l'objectif étant de les rendre compréhensibles à ceux peu entraînés aux techniques de biologie moléculaire. Les molécularistes avertis sauront extraire des versions épurées de ces protocoles. A noter enfin l'apport sous forme d'annexes de nombreuses informations complémentaires, aussi bien techniques que liées à l'organisation et au coût des manipulations (calendrier prévisionnel, références des kits et produits utilisés). L'ensemble de ces méthodes ont été optimisées et ont fait preuve de leur efficacité chez de nombreux organismes aux laboratoires de Génétique des Populations et Evolution de Gif-sur-Yvette (CNRS, FRANCE) et de Génétique des Poissons de Jouy-en-Josas (INRA, FRANCE).

COMMENT RECUPERER CE RECUEIL TECHNIQUE :

Il existe un fichier zippé intitulé "microvf1.zip" (format Word 6 sous Windows 3.11) correspondant à ce recueil. Il existe également une version anglaise (auteurs: Arnaud Estoup et Julie Turgeon, fichier intitulé "microev1.zip"). Ces deux fichiers ne sont pas protégés et sont disponibles gratuitement.